A pasta C:\Windows\Installer contém a "cache" de instalações do Windows Installer, onde são armazenados ficheiros importantes das aplicações instaladas usando a tecnologia Windows Installer. Esses ficheiros não devem ser eliminados.
A "cache" de instalações é usada para a manutenção (eliminação ou actualização) das aplicações e correcções instaladas no sistema. Os ficheiros de instalação são um registo de versões de ficheiros e dependências no "registry" relacionados com uma aplicação em particular, ou uma actualização de uma aplicação. A disponibilidade desse registo na "cache" é importante para que os processos de desinstalação e actualização das aplicações funcione correctamente.
A ferramenta não oficial PatchCleaner facilita o processo de descoberta, migração ou eliminação de ficheiros "órfãos" nessa "cache", (ie, relacionados com aplicações que supostamente já não existem no sistema).
A forma oficial para gerir o tamanho da pasta C:\Windows\WinSxS é através do DISM - Deployment Image Servicing and Management.