Os programas que arrancam automaticamente quando é iniciada uma sessão no Windows estão definidos nas seguintes localizações, no "registry":

HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run

HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce

HKLM\Software\Wow6432Node\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run

HKLM\Software\Wow6432Node\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce

O comando "msconfig" disponibiliza um interface gráfico para configuração dos programas que arrancam automaticamente aquando do início de novas sessões, registados nas localizações acima.

Nos servidores de terminais, onde são executadas muitas sessões simultaneamente, é recomendável que não sejam executados automaticamente quaisquer programas que possam correr como serviços, por exemplo actualizações automáticas do Java ou Acrobat Reader, ou interfaces para monitorizar o estado do antivírus.